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Der Chemieunterricht beginnt im Albert-Einstein-Gymnasium in der 8. Klasse, und zwar zweistündig. Eine Stunde davon findet im Teilungsunterricht statt, mit dem insbesondere die experimentellen Fähigkeiten der Schüler(innen) gefördert werden sollen. Themen sind z.B. die Zusammensetzung der Luft und des Wassers, der Atombau und das Periodensystem.

In der 9. Klasse gehören die Säuren, Laugen und Salze zu den Inhalten, im 2. Halbjahr wird die organische Chemie mit den Themen Kohlenwasserstoffe und Alkohole eingeführt. Ihre Fortsetzung erfährt die org. Chemie in der 10. Klasse u.a. mit Inhalten der Natur- und Kunststoffchemie.
Auch in diesen Klassenstufen ist der Unterricht zweistündig und z.T. als Teilungsunterricht organisiert. Wahlthemen ergänzen das Pflichtangebot der Mittelstufe.

Der Wahlpflichtunterricht in den Klassen 9 und 10 ist noch stärker experimentell orientiert und befasst sich mit Themen wie Duftstoffen, nachwachsenden Rohstoffen oder Baustoffen.
Beide Kurse finden in der Regel in jedem Schuljahr statt.

Für den Chemieunterricht stehen insgesamt fünf Räume zur Verfügung, zu denen auch ein Hörsaal gehört. Die Räume sind z. T. mit Smartboard, Whiteboard, Beamer und Computer ausgestattet, Internetzugänge sind vorhanden.

Der Oberstufenunterricht ist in Grund- und Leistungskurse eingeteilt. Beide Kursarten werden in jedem Schuljahr angeboten und auch realisiert, in manchen Jahrgangsstufen finden sogar zwei Leistungskurse statt.
Die inhaltlichen Angebote beider Kursarten ähneln sich stark, sind aber über die vier Kurssemester unterschiedlich verteilt.

Um den Wegfall der 11. Klasse zu kompensieren und das inhaltliche Angebot zeitgemäß zu erweitern, hat der Fachbereich Chemie einen Zusatzkurs Umweltchemie entwickelt, der auch zur Wiederholung, Vertiefung und Ergänzung des Chemieunterrichts der Mittelstufe geeignet ist.
Er wird in jedem Schuljahr angeboten und - je nach Schüler/-inneninteresse - auch realisiert.

Die Leistungskurse unternehmen in der Regel einwöchige Kurs- bzw. Studienfahrten zu Unternehmen der chemischen Großindustrie. Die Schüler(innen) können sich an Ort und Stelle und aus erster Hand über Produktion, Ausbildung und Arbeitsmöglichkeiten in der chemischen Industrie informieren. Bei weiteren Exkursionen lernen die Schüler/-innen auch einen Teil der Berliner Forschungs- und Ausbildungsstätten im Bereich Chemie kennen. Schüler/-innen der AEO nehmen darüber hinaus an regionalen bzw. bundesweiten Wettbewerben (Jugend forscht) teil. Die apparative Ausstattung des Fachbereichs Chemie ist bereits mehrfach von der Gesellschaft Deutscher Chemiker gefördert worden.